分子動力學模擬也能用GPU加速？NVIDIA Tesla告訴你答案

AMBER(Assist Model Building with Energy Minimization)是一款著名的分子動力學模擬軟件包。從 V11 版本開始，AMBER 開始可以使用 NVIDIA 的 GPU 來進行顯性溶劑 PME 和隱性溶劑 GB 仿真。

本測試針對 Cellulose（纖維素）進行，確認AMBER在 GPU 上的加速效果。

默認情況下，AMBER 不會自動去調用 GPU，于是我們手動編譯了支持 cuda 的版本， pmemd.cuda.MPI（多 GPU 版）與 pmemd.cuda（單 GPU 版） 。

在本次測試中所使用的分子是纖維素（Cellulose），它的原子數量為：408,609 atoms。

測試步驟

 

測試環境

在 CPU 下的測試

本次測試中所使用的分子是纖維素（Cellulose），它的原子數量為：408,609 atoms。

使用 CPU 編譯的版本，在 CPU 運行的測試結果如下圖所示。

 

在單 GPU 下的測試

 

在雙 GPU 下的測試

在本次測試中使用雙 GPU 來進行纖維素的分子模擬，需要使用多 GPU 支持的并行版本，使用 pmemd.cuda.MPI 命令，每個進程推薦使用一個 GPU。其最后的測試結果如下圖所示。

 

測試結果

測試結果證明NVIDIA Tesla GPU加速器對AMBER有極大幅度的提升。

推薦配置